一開(kāi)始，機(jī)器和人類斗爭(zhēng)，機(jī)器勝利后制造了矩陣，矩陣是個(gè)由代碼構(gòu)建的虛擬世界，并把所有人類接入矩陣，欺騙他們讓其以為自己生活在現(xiàn)實(shí)中。實(shí)則每個(gè)人類都被溶液泡著關(guān)在一個(gè)容器內(nèi)，身上連接著各種傳感器。但是總有人類能發(fā)現(xiàn)矩陣是虛擬世界而不是真實(shí)的，于是矩陣的核心程序即架構(gòu)師將這部分覺(jué)醒的人安排到錫安，并定期從人群中覺(jué)醒一個(gè)救世主，讓救世主帶領(lǐng)錫安的人反抗。救世主面見(jiàn)架構(gòu)師時(shí)，矩陣全部清除重來(lái)，從而實(shí)現(xiàn)矩陣的進(jìn)化，以維護(hù)矩陣對(duì)人類的欺騙。而矩陣某次更新時(shí)產(chǎn)生的先知程序介入了架構(gòu)師的計(jì)劃，她設(shè)計(jì)讓第六代救世主與女人相愛(ài)，于是尼奧在人類和崔妮蒂之間選擇了后者。他們回到現(xiàn)實(shí)后去與機(jī)器大帝（矩陣的主人）談判。因?yàn)槭访芩诡愃撇《疚廴揪仃囀澜?，大帝需要尼奧的幫助，于是達(dá)成交易，在尼奧犧牲以后，人類與機(jī)器終于和平。